2019年1月1日，MCP发表了一篇社论，题为“Initial Guidelines for Manuscripts Employing Data-independentAcquisition Mass Spectrometry for Proteomic Analysis”，为DIA（Data-independent Acquisition）技术打call！
社论链接：http://www.mcponline.org/content/18/1/1#ref-9
社论中提到：对于small scale的样本进行差异蛋白质组学比较分析时，标记定量是非常有效的检测方法。但进行大规模样本时（12个及以上），label-free定量方法是更加实际的选择。（原文：For small-scale comparisons, isotopic labeling, whether introducedmetabolically or chemically, is very effective and allows comparison ofmultiple samples mixed together. However, for comparing a larger number ofsamples (a dozen or more), label-free strategies are often the most practicaloption. Reproducible and accurate quantification of a large number of proteinand peptide analytes across a large panel of samples remains a singular goal ofthe proteomics field in general.）
本次社论中介绍的DIA（Data-independentAcquisition）技术 —— 数据非依赖性采集模式，属于升级版的label-free定量蛋白质组学技术，就像MCP社论中提到的，DIA技术可提供全面的样本蛋白质及肽段信息，有效规避了DDA数据采集时遇到的重复性和覆盖度问题带来的局限性。
DIA技术的应用优势
(1) 疾病分型、品系研究：DIA具体高覆盖度和重现性，可减少扫描本身造成的数据丢失，获得最多有效数据用于分型研究；同时，可准确反映样本间蛋白表达的“有无差异”。
(2) 生物标志物发现：DIA具体高重现和稳定性，无需混合样本，可进行单样本独立分析，实现后期有效的统计分析和潜在标志物挑选。
(3) 构建生物样本库：DIA进行全扫描数据采集，可实现样本生物信息的完整保存，为后续的回溯分析提供保障。
为此，中科新生命特意在血液样本方面开发出独家的DIA应用产品，无需去除高丰度，无需前处理，即可在2h内获得>1000个蛋白！！！线性范围可跨越5-6个数量级。
详情可点击链接：
https://mp.weixin.qq.com/s/icw0L9seJmEaQ0s8LG6URw
MCP杂志是蛋白质组学领域杂志期刊的佼佼者，已经为DDA（Data-dependent MSMS analysis）技术、靶向蛋白质组学、糖组学/唐蛋白质组学[8]和临床蛋白质组学相关文章的发表给出了相应的指导意见。
到目前为止，MCP上已发表了多篇DIA-MS研究的相关报道。随着DIA技术的快速发展，为适应各位作者的需求，MCP杂志在2018年6月圣地亚哥召开的第66届美国质谱年会 (ASMS 2018)上协同数位DIA技术研究领域的大牛制定出该技术发表的首套指导意见，主要包括DIA重点方法、软件和相应仪器方面的内容。
DIA-MS guidelines —— Final Version
具体链接：http://www.mcponline.org/page/DIA-guidelines
主要分为：Experimental Section和Result Section，具体内容可以点开上述链接，这里仅列举主要目录：
Experimental Section
1. Experimental Design andStatistical Rationale:
(1) Data Acquisition
(2) Methods for DIA DataAnalysis
2. For Spectrum-Centric DIAAnalysis:
(1) Peak List Generation
(2) Search Engine
3. For Peptide-Centric DIA Analysis
(1) Spectral Libraries
If the library was created as part of thisstudy:
If a public library was used for dataanalysis:
If predicted spectra were used:
If the library contains decoys:
(2) Matching of Data to Spectral Library
Results Section
1. Peptide and Protein Reporting
2. Quantification
3. Data Submission to a public Repository
MCP杂志对DIA技术的如此重视，也预示着DIA技术具有广泛的应用前景。上海中科新生命建立好的DIA平台，到目前为止已运行接近一年，检测样本数超过1000例，具备了丰富的项目经验，是值得您选择的蛋白质组学合作伙伴。